Please use this identifier to cite or link to this item:
https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/463466Full metadata record
| DC Field | Value | Language |
|---|---|---|
| dc.contributor.advisor | Wan Kiew Lian, Prof. Dr. | |
| dc.contributor.author | Hamidah Akmal Hisham. (P43772) | |
| dc.date.accessioned | 2023-09-25T09:26:16Z | - |
| dc.date.available | 2023-09-25T09:26:16Z | - |
| dc.date.issued | 2011-11-16 | |
| dc.identifier.other | ukmvital:81869 | |
| dc.identifier.uri | https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/463466 | - |
| dc.description | Eimeria maxima merupakan parasit protozoa yang menjangkiti ayam dan menyebabkan koksidiosis, penyakit enterik yang membawa kerugian besar kepada industri penternakan ayam. Penjujukan dan pencirian genom E. maxima dipercayai dapat membantu dalam mengenal pasti gen yang berpotensi sebagai sasaran dadah dan vaksin rekombinan untuk mengawal penyakit koksidiosis. Objektif kajian ini adalah untuk mencirikan genom E. maxima melalui penjanaan dan analisis jujukan klon fosmid. Untuk mencapai objektif tersebut, sebuah perpustakaan fosmid E. maxima, yang terdiri daripada 4879 klon, telah berjaya dibina. Penjujukan hujung fosmid yang telah dijalankan berjaya menghasilkan sebanyak 5689 jujukan. Analisis Blastn terhadap pangkalan data GenBank telah mengenal pasti sebanyak 1572 jujukan kontaminan, yang telah disingkirkan daripada analisis selanjutnya. Oleh itu, sebanyak 4117 jujukan berkualiti dengan purata panjang jujukan sebanyak 580 pb telah dijana. Jumlah keseluruhan panjang jujukan yang terjana adalah 2.4 Mb, iaitu bersamaan dengan ~4.0% daripada keseluruhan genom E. maxima yang dianggarkan bersaiz 60 Mb. Hasil elektroforesis gel medan denyut (PFGE) menunjukkan bahawa purata saiz DNA selitan klon fosmid adalah ~40.7 kb. Komposisi GC bagi keseluruhan jujukan hujung fosmid yang terjana adalah 47.6%, dan nilai ini adalah hampir sama dengan komposisi GC jujukan kromosom 1 dan jujukan keseluruhan genom E. tenella. Analisis seterusnya menunjukkan bahawa jujukan berulang ringkas merangkumi 224.1 kb, iaitu sebanyak 9.6% daripada keseluruhan jujukan hujung fosmid yang terjana. Jujukan trinukleotida GCA adalah jujukan berulang yang paling banyak dijumpai, iaitu sebanyak 1111 daripada keseluruhan 3464 jujukan berulang yang telah dikenal pasti. Hasil analisis Blastx dengan menggunakan nilai E ≤ 10 -5 sebagai nilai ambang menunjukkan bahawa 1571 jujukan hujung fosmid mempunyai persamaan dengan jujukan protein dalam pangkalan data GenBank dengan kebanyakannya adalah protein daripada parasit apikompleksa. Analisis Ontologi Gen (GO) yang dijalankan ke atas 4117 jujukan hujung fosmid berjaya mengkelaskan 51.7% jujukan ke dalam kumpulan proses biologi, 29.1% jujukan ke dalam kumpulan fungsi molekul dan sebanyak 19.3% jujukan ke dalam kumpulan komponen sel. Dalam kajian ini, jujukan lengkap klon fosmid Emf00304B10 juga telah dijana dan dianalisis. DNA klon fosmid tersebut telah digunakan dalam pembinaan perpustakaan berselitan kecil, dan sebanyak 752 jujukan telah berjaya dijana daripada klon yang dipilih secara rawak daripada perpusatakaan ini. Jujukan yang terjana telah dihimpunkan kepada tiga kontig, dan penitian pencetus seterusnya telah dijalankan untuk menghasilkan kontig tunggal yang bersaiz 37,820 pb. Peramalan struktur gen telah dilakukan menggunakan perisian GlimmerHMM dan SNAP, dan sebanyak lapan gen telah berjaya diramalkan pada jujukan lengkap klon fosmid Emf00304B10. Berdasarkan analisis pemadanan jujukan serta domain, fungsi putatif bagi empat daripada gen tersebut telah dapat ditentukan, iaitu transhidrogenase, protein efektor positif endonuklease penyambatan tRNA, protein faktor penyambatan dan fosfatidilinositol 4-fosfat-5-kinase.,Sarjana | |
| dc.language.iso | may | |
| dc.publisher | UKM, Bangi | |
| dc.relation | Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi | |
| dc.rights | UKM | |
| dc.subject | Dissertations, Academic -- Malaysia | |
| dc.subject | Penyakit koksidiosis | |
| dc.subject | Eimera Maxima | |
| dc.title | Pencirian Genom Eimera Maxima melalui penjanaan dan analisis jujukan klon fosmid | |
| dc.type | theses | |
| dc.format.pages | 148 | |
| dc.identifier.callno | QL368.C59 H339 2011 | |
| dc.identifier.barcode | 001520 | |
| Appears in Collections: | Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi | |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| ukmvital_81869+SOURCE1+SOURCE1.0.PDF Restricted Access | 4.82 MB | Adobe PDF |  View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.