Analisis penjujukan transkriptom, dedradom dan RNA kecil (sRNA) dalam pengenalpastian sRNA yang terlibat dalam pengawalaturan tapak jalan biosintesis fenilpropanoid dan flavonoid dalam Polygonum minus

Yeoh Chean Chean (P62860)

Please use this identifier to cite or link to this item: https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/463441

Full metadata record

DC Field	Value	Language
dc.contributor.advisor	Ismanizan Ismail, Prof. Dr.
dc.contributor.author	Yeoh Chean Chean (P62860)
dc.date.accessioned	2023-09-25T09:25:29Z	-
dc.date.available	2023-09-25T09:25:29Z	-
dc.date.issued	2015-09-22
dc.identifier.other	ukmvital:81717
dc.identifier.uri	https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/463441	-
dc.description	Polygonum minus ataupun lebih dikenali sebagai kesum, merupakan salah satu herba di Malaysia yang sering diguna sebagai makanan harian dan tonik untuk kesihatan.Manfaat perlindungan ini disebabkan oleh kandungan flavonoid yang tinggi dalam P. minus. Sehingga kini, kebanyakan kajian tentang P. minus adalah fokus kepada aspek fitokimia sahaja dan kurang pengetahuan dalam mekanisme molekul pengawalaturan tapak jalan penghasilan metabolit sekunder. Selain itu, P. minus tidak mempunyai informasi genomik dalam pangkalan data. Dalam kajian ini, satu perpustakaan transkriptom akar P. minus telah dihasilkan dengan 917,153 bacaan berkualiti menggunakan penjujuk 454. Selepas penyaringan bacaan yang berkualiti dan perhimpunan de novo, 190,269 transkrip unik diperoleh dengan purata panjang 448 pb. Berdasarkan anotasi fungsian BLAST2GO, 34,411 transkrip unik telah dipadankan ke 330 tapak jalan KEGG yang berbeza. Lima belas (65.23%) daripada jumlah 23 enzim yang terlibat dalam peta tapak jalan biosintesis flavonoid dan tiga belas (36.11%) daripada jumlah 36 enzim dalam peta tapak jalan biosintesis fenilpropanoid telah berjaya dipadankan dengan perpustakaan transkriptom akar P. minus. Selain itu, penjujukan sRNA dan degradom yang diubahsuai juga dilakukan melalui platform HiSeq 2500 (Illumina) dan penjujuk 454 (GS-FLX, Roche). Kira-kira 10 juta bacaan jujukan sRNA dihasilkan daripada akar P. minus dan 54,498 jujukan degradom telah dianotasi dan dipetakan ke tapak jalan KEGG. Analisis pengekspresan sRNA juga dilakukan untuk memahami peranan sRNA dalam akar P. minus yang dirawat dengan asid jasmonik (AJ) dan asid salisilik (AS). Jujukan sRNA dipadankan dengan perpustakaan degradom. Tiga sRNA putatif (FLAV3_2_sRNA, Phenyl_1_sRNA and Phenyl_4_sRNA) yang terlibat dalam tapak jalan biosintesis flavonoid dan fenilpropanoid didapati berbeza pengekspresannya dalam akar yang dirawat AJ dan AS dan telah disahkan melalui tindakbalas rantai polimerase transkripsi berbalik kuantitatif masa-nyata (RT-qPCR). Perubahan dalam pengekspresan sRNA selepas rawatan AJ dan AS menunjukkan pengawalaturan tapak jalan biosintesis flavonoid dan fenilpropanoid oleh sRNA. Kajian ini meningkatkan pemahaman kita tentang peranan pengawalaturan sRNA dalam tapak jalan biosintesis metabolit sekunder tumbuhan. Hasil kajian ini akan dijadikan asas manipulasi pengekspresan sRNA untuk meningkatkan penghasilan metabolit sekunder sasaran P. minus pada masa depan.,Sarjana
dc.language.iso	may
dc.publisher	UKM, Bangi
dc.relation	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi
dc.rights	UKM
dc.subject	Polygonum minus( kesum)
dc.subject	Kandungan flavonoid y
dc.subject	Pengekspresan sRNA
dc.subject	Small interfering RNA.
dc.title	Analisis penjujukan transkriptom, dedradom dan RNA kecil (sRNA) dalam pengenalpastian sRNA yang terlibat dalam pengawalaturan tapak jalan biosintesis fenilpropanoid dan flavonoid dalam Polygonum minus
dc.type	theses
dc.format.pages	138
dc.identifier.callno	QP623.5.S63 Y445 2015
dc.identifier.barcode	001468
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
ukmvital_81717+SOURCE1+SOURCE1.0.PDF Restricted Access		3.7 MB	Adobe PDF	View/Open

Show simple item record Recommend this item