1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Pencirian transkriptom rafflesia cantleyi pada peringkat kemekaran melalui penjujukan generasi terkemudian
Authors:	Lee Xin Wei ( P58602 )
Supervisor:	Wan Kiew Lian, Prof. Dr.
Keywords:	Rafflesia cantleyi
Issue Date:	2014
Description:	Rafflesia cantleyi, sejenis tumbuhan parasitik yang menghasilkan bunga bersaiz gergasi, diancam kepupusan, dan usaha untuk memulihara spesies ini boleh dibantu oleh pemahaman yang lebih mendalam mengenai perkembangannya. Sehubungan itu, objektif kajian ini adalah untuk menjujuk dan mencirikan transkriptom R. cantleyi yang berada pada tahap kemekaran. RNA jumlah telah diekstrak dari tisu perigon R. cantleyi, dan sebuah perpustakaan cDNA telah dibina dan digunakan dalam penjujukan transkriptom dengan menggunakan pendekatan penjujukan generasi terkemudian berpentas Illumina. Sebanyak 40,663,530 jujukan berkualiti telah dihasilkan dan 81.16% daripada jujukan tersebut telah dihimpunkan kepada 18,053 transkrip yang mempunyai purata panjang 641 pb. Hasil pencarian jujukan homologi menggunakan blastx menunjukkan 79.41% daripada transkrip yang diperoleh mempunyai pemadanan yang signifikan (nilai e > 1e-6) dengan jujukan dalam pangkalan data non-redundant GenBank. Anotasi kefungsian menggunakan Blast2GO telah memadankan 11,987 transkrip dengan 64,003 istilah ontologi gen (GO) dan 5,342 kod enzim. Selain itu, 1,865 transkrip telah dipadankan dengan pelbagai domain protein yang terdapat dalam pangkalan data InterPro. Hasil anotasi ini menunjukkan bahawa tisu yang dikaji sedang mengalami proses metabolik dan sel yang aktif. Dalam analisis pemetaan tapak jalan, sebanyak 6,019 transkrip telah dipetakan kepada 129 tapak jalan dalam pangkalan data Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome (KEGG). Peratusan padanan tertinggi adalah kepada tapak jalan metabolisma asid nukleik, dan ini mencadangkan fungsi penting asid nukleik sebagai sumber tenaga dan pelopor utama untuk proses sintesis produk primer semasa proses tumbesaran. Seterusnya, hasil pemetaan transkrip terhadap pangkalan data Eukaryotic Orthologous Groups of proteins (KOG) menunjukkan 9,006 transkrip dapat dipetakan kepada kesemua 25 kelas fungsian. Famili protein KOG1187, yang merangkumi protein kinase serina/treonina menunjukkan tahap pemetaan transkrip yang tertinggi, mencadangkan yang ia berperanan dalam pengawalaturan proses perkembangan bunga. Analisis pengekspresan gen menggunakan Cufflinks telah mengenal pasti 52 transkrip yang berkelimpahan tinggi. Di antara gen yang boleh dikaitkan dengan proses perkembangan bunga termasuklah gen yang mengekodkan protein mirip penyahsulfuran sisteina (sufE), enzim fruktosa bifosfat aldolase (FBA) dan protein Late Embryogenesis Abundant (LEA). Di samping itu, perbezaan tahap pengekspresan gen antara transkriptom bunga dan kudup R. cantleyi telah dianalisis dengan menggunakan Cuffdiff. Hasil analisis menunjukkan bahawa 105 transkrip mempunyai tahap pengekspresan yang lebih tinggi dalam bunga berbanding kudup. Di antara transkrip tersebut, gen yang dikaitkan dengan kepayahan, protein sel dinding dan faktor transkripsi telah dicadangkan sebagai gen yang penting dalam proses kemekaran bunga. Kesimpulannya, hasil kajian ini telah menyumbang kepada kefahaman baru dalam proses kemekaran R. cantleyi dan menyediakan sumber yang berguna untuk kajian fungsian genomik R. cantleyi yang selanjutnya,Master/Sarjana
Pages:	124
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.