1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Penjanaan dan analisis jujukan cDNA lengkap daripada sporozit Eimeria maxima
Authors:	Izazy Nur binti Mohd Jaafar (P53408 )
Supervisor:	Wan Kiew Lian, Prof. Dr.
Keywords:	Industri penternakan ayam Penyakit koksidiosis Molecular genetics
Issue Date:	2014
Description:	Penyakit koksidiosis yang mengakibatkan kerugian besar dalam industri penternakan ayam seluruh dunia adalah berpunca daripada infeksi tujuh spesies Eimeria termasuk Eimeria maxima. Pencirian transkriptom E. maxima dapat membantu dalam usaha untuk menambah pemahaman biologi, mengenalpasti protein penting sekaligus menyumbang dalam penghasilan kaedah pengawalan koksidiosis ayam yang lebih efektif. Dalam kajian ini, penjanaan transkriptom dicapai melalui pendekatan penjujukan penanda jujukan terungkap (EST) dan jujukan cDNA lengkap. Sejumlah 10,228 jujukan EST berkualiti tinggi telah dijana daripada hujung 5' klon yang telah dipilih secara rawak daripada perpustakaan cDNA lengkap peringkat kitar hidup sporozoit. Proses pengkelompokan EST yang dilakukan bagi mengurangkan pengulangan telah menghasilkan sebanyak 1,665 jujukan transkrip unik yang terdiri daripada 962 jujukan konsensus dan 703 jujukan tunggal. Analisis kekerapan EST yang telah dilakukan bagi menganggar aras transkripsi relatif gen peringkat sporozoit menunjukkan gen yang mengekodkan protein pelopor SERPIN1 sebagai transkrip yang diwakili oleh kekerapan EST paling tinggi. Ini diikuti oleh gen yang mengekodkan protein tidak diketahui daripada E. tenella dan protein granul padat 12. Hasil pencarian jujukan homologi menggunakan program blastx mencatatkan sebanyak 25.59% pemadanan yang signifikan, dengan 93.43% daripadanya adalah kepada jujukan protein parasit protozoa, terutamanya parasit apikompleksa Eimeria spp., Toxoplasma gondii dan Neospora caninum. Analisis penentuan ontologi gen (GO) menggunakan perisian Blast2GO berjaya memetakan sebanyak 749 istilah GO (489 Proses Biologi, 163 Fungsi Molekul dan 97 Komponen sel) kepada jujukan transkrip unik ini. Seterusnya, penjanaan jujukan EST daripada hujung 3' yang dilakukan ke atas wakil transkrip unik telah menghasilkan 1,271 jujukan. Pra-pemprosesan telah dilakukan terhadap kedua-dua set data EST hujung 5' dan hujung 3' bagi penghasilan jujukan yang berkualiti tinggi. Hasil daripada pengkelompokan EST kedua-dua hujung serta proses penitian pencetus, sebanyak 618 jujukan cDNA lengkap E. maxima telah berjaya dijana. Julat panjang jujukan-jujukan ini ialah di antara 611 pb dan 3,086 pb dengan saiz purata 1,921 pb. Analisis penentuan rangka bacaan terbuka (ORF) yang dijalankan menggunakan perisian ORF Finder telah mengenalpasti 564 ORF yang mempunyai kedua-dua kodon pemula dan penamat. Hasil analisis perisian MISA yang digunakan bagi mengesan jujukan berulang menunjukkan dominasi motif trinukleotida di dalam jujukan cDNA lengkap E. maxima iaitu sebanyak 86.18%. Jujukan berulang CAG didapati merangkumi 75.00% daripada keseluruhan motif trinukleotida ini. Analisis penggunaan kodon menerusi perisian CodonW pula mendapati 10 kodon yang jarang digunakan parasit ini ialah kodon CUA, AUC, UCG, CCG, ACG, CGU, CGA, CGG, ACC dan UGU. Analisis jujukan tapak permulaan translasi jujukan cDNA lengkap telah mengenal pasti jujukan GAA(G/A)ATGG sebagai konsensus Kozak E. maxima dalam kajian ini. Analisis selanjutnya ke atas jujukan pengekodan lengkap yang melibatkan peramalan kehadiran peptida isyarat, domain transmembran dan sauh GPI serta penentuan lokasi subsel protein berjaya mengenalpasti 29 protein rembesan dan 49 protein permukaan putatif, yang berkemungkinan boleh digunapakai dalam penghasilan vaksin rekombinan atau sebagai calon dadah baru bagi membendung koksidiosis ayam.,Master/Sarjana
Pages:	108
Call Number:	QL368.C59I993 2014 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.