1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Pengecaman motif tapak aktif dan residu berfungsi berasaskan struktur 3D bagi famili protein domain Chromo
Authors:	Rabiatul Adawiah binti Zainal Abidin (P43128)
Supervisor:	Zeti Azura Mohamed Hussein, Dr.
Keywords:	3D Protein domain Chromo Proteins -- Structure
Issue Date:	14-Mar-2013
Description:	Domain Chromo telah dicadangkan sebagai model interaksi protein dan mempunyai motif terpelihara yang mewakili pelbagai jenis tapak aktif. Objektif kajian ini ialah mengenal pasti residu berfungsi yang berpotensi dijadikan sebagai motif pengenalan tapak aktif protein domain Chromo. Pengumpulan motif pengenalan tapak aktif domain Chromo dapat membantu dalam peramalan fungsi protein. Tujuh sub famili protein domain Chromo telah dipilih berdasarkan maklumat dari pangkalan data Structural Classification Of Protein (SCOP). Dua puluh empat struktur 3D protein domain Chromo yang terpilih telah dimuat turun dari pangkalan data Protein Data Bank. Empat jenis tapak aktif yang terlibat dalam protein domain Chromo telah dikenalpasti iaitu tapak pengikatan histon, tapak pengikatan peptida, tapak pengikatan metal dan tapak pengikatan ligan. Kajian in siliko ini menggabungkan kaedah berasaskan jujukan dan kaedah berasaskan struktur bagi mengenal pasti residu-residu terpelihara yang berfungsi sebagai tapak aktif protein domain Chromo. T-coffee digunakan untuk penjajaran struktur bagi setiap sub famili protein domain Chromo. Analisis struktur 3D protein domain Chromo yang terlibat telah dilakukan bagi mengenal pasti dan mengesah pasti kedudukan residu-residu berfungsi, interaksi antara residu-residu dan jenis ikatan yang diramalkan terlibat dalam tapak aktif protein domain Chromo masing-masing. Protein domain Chromo yang mempunyai residu berfungsi dan terlibat sebagai tapak aktif dikelaskan sebagai motif pengenalan tapak aktif. Protein domain Chromo yang tidak mempunyai tapak aktif tetapi terdapat residu-residu terpelihara yang mungkin terlibat sebagai tapak aktif dikelaskan sebagai motif residu berfungsi. Sembilan struktur 3D protein domain Chromo iaitu (Val21, Leu40, Trp42, Phe45 dan Leu58), 2DNV (Phe11, Ala13, Glu14, Trp32, Trp35, Pro44, Asn47 dan Arg52), 2DY7 (Val182, Phe213, Ile215, Trp217, Leu242 dan Tyr245), 2DY8 (Ile290, Tyr307, Val309, Trp311, Ile327, Ala331 dan Val335), 1G6Z (Trp31, Thr40, Trp41, Glu42), 2DNT (Tyr14, Trp36, Tyr39, Val16, Glu17, Arg23, Gly27, Tyr31, Trp35, Thr45, Trp46 dan Glu47), 1X32 (Val5, Glu20, Tyr21, Leu22, Trp25, Lys26, Asp27, dan Trp33), 1X3Q (Val8, Arg17, Tyr25 Leu26, Val27, Trp29, Asp30 dan Trp37) dan 1X3P (Asp14, Lys23, Trp24, Thr25, Asp26, Ala30, Thr31, Trp32, Glu33 dan Pro34) telah dikenal pasti tidak mempunyai tapak aktif melalui kajian kepustakaan dan pangkalan data. Namun berdasarkan penjajaran jujukan berbilang kelima-lima struktur mempunyai kawasan residu terpelihara yang diramalkan terlibat sebagai tapak aktif bagi protein domain Chromo. Berdasarkan kajian ini, motif pengenalan tapak aktif dan residu berfungsi dipersembahkan lebih baik dengan menggabungkan maklumat berasaskan jujukan dan struktur protein.,Master/Sarjana
Pages:	147
Call Number:	QD431.25.S85.R334 2013
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.