Please use this identifier to cite or link to this item:
https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/463244| Title: | Pencirian genom bakteria alkalifil Bacillus lehensis G1 |
| Authors: | Nurul Hidayah binti Samsulrizal (P43133) |
| Supervisor: | Abdul Munir Abdul Murad, Prof. Madya Dr. |
| Keywords: | Genom bakteria alkalifil Bacillus lehensis G1 Bacillus (Bacteria) -- Genetics |
| Issue Date: | 4-Jul-2011 |
| Description: | Bacillus lehensis G1 merupakan bakteria alkalifil yang dapat hidup dan bermandiri pada pH tinggi. Dalam kajian yang berkaitan, genom B. lehensis G1 bersaiz 4061360 pb telah dijujuk dan dihimpun. Objektif kajian ini ialah untuk mencirikan struktur dan kandungan genom B. lehensis G1 serta mengenalpasti protein-protein yang membantu dalam adaptasi terhadap persekitaran beralkali. Sebanyak tiga perisian telah digunakan untuk meramal kawasan pengekodan genom B. lehensis G1 iaitu perisian GeneMark, perisian Glimmer tanpa set latihan dan perisian Glimmer dengan menggunakan genom Bacillus clausii sebagai set latihan. Perisian GeneMark, Glimmer tanpa set latihan dan Glimmer dengan set latihan masing-masing telah meramal sebanyak 4800, 2890 dan 4588 gen. Hasil ramalan ketiga-tiga tersebut telah dibanding dan digabungkan serta disemak secara manual dengan menggunakan perisian Artemis. Hasilnya, sebanyak 4445 gen diramal terkandung dalam genom B. lehensis G1. Kesemua jujukan gen tersebut menyumbang kepada 87% daripada saiz genom dengan purata saiz jujukan pengekodan gen ialah 794 pb. Seterusnya anotasi fungsi gen telah dilakukan dengan melakukan perbandingan genom B. lehensis G1 dengan jujukan organisma lain yang didaftarkan di dalam pengkalan data Swiss-Prot menggunakan perisian BLAST. Hasil menunjukkan sebanyak 3162 (71.14%) gen mengekod protein yang dapat diramal fungsi putatif, 842 (18.94%) gen mengekod protein hipotetikal yang terpulihara dan 441 (9.9%) gen yang mengekod protein tidak menunjuk sebarang persamaan dengan protein daripada organism lain. Analisis ini juga menunjukkan beberapa protein yang diperlukan untuk sel bermandiri pada pH yang tinggi dikodkan oleh lebih daripada satu gen di dalam genom B. lehensis G1. Ini termasuklah gen mengekod antiporter kation/proton monovalen Mrp (14 gen), antiporter Na+/H+ (3 gen) dan simporter Na+/bahan terlarut (3 gen). Analisis kawasan bukan pengekodan menggunakan perisian RNAmmer and tRNA Scan-SE telah mengenalpasti sebanyak 7 operon rRNA dan 63 tRNA B. lehensis G1. Analisis perbandingan genom B. lehensis G1 dengan genom B. clausii, B. subtilis dan B. halodurans telah dijalankan dengan menggunakan perisian Inparanoid dan MUMmer. Analisis ini telah mengenalpasti sebanyak 1662 (37.39%) protein ortolog hadir dalam keempat-empat genom yang dikaji. Namun begitu, sebanyak 1337 (30.08%) protein B. lehensis G1 tidak mempunyai hubungan ortolog dengan mana-mana genom Bacillus yang dibandingkan dimana proteinprotein ini berkemungkinan terlibat dalam ketahanan terhadap persekitaran beralkali. Sebagai kesimpulan, kajian ini telah berjaya menciri struktur dan kandungan genom B. lehensis G1 serta mengenal pasti protein-protein yang dijangka dapat membantu meningkatkan ketahanan B. lehensis G1 terhadap persekitaran beralkali.,Master/Sarjana |
| Pages: | 182 |
| Call Number: | QR82.B3.N847 2011 |
| Publisher: | UKM, Bangi |
| Appears in Collections: | Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| ukmvital_74509+Source01+Source010.PDF Restricted Access | 8.52 MB | Adobe PDF |  View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.