1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Peramalan faktor virulen baru daripada protein membran Burkholderia pseudomallei k96243
Authors:	Noratikah binti Othman (P45173)
Supervisor:	Sheila Nathan, Prof. Dr.
Keywords:	Virulen Protein membran Burkholderia pseudomallei k96243 Virulence (Microbiology) -- Molecular aspects
Issue Date:	22-Nov-2012
Description:	Burkholderia pseudomallei adalah penyebab penyakit melioidosis yang endemik di Asia Tenggara dan Utara Australia. Peramalan faktor virulen adalah sangat penting bagi mengenalpasti protein yang terlibat dalam kepatogenan bakteria ini. Tinjauan genom strain rujukan K96243 telah menunjukkan hampir 20% keseluruhan genom mengekodkan protein hipotetikal dan sebahagian daripada protein ini mungkin terlibat di dalam kevirulenan. Objektif kajian ini adalah untuk meramalkan faktor virulen baru dalam B. pseudomallei K96243 dan membandingkan faktor virulen yang telah diramal ini dengan jujukan ortolognya. Bagi mencapai objektif tersebut, sejumlah 5728 jujukan protein B. pseudomallei dari kromosom 1 dan kromosom 2 dimuat turun dari pangkalan data refseq NCBI. Enam perisian bioinformatik (TMHMM2, SOSUI, Phobius, SignalP, PSORTb, SubLoc dan BOMP) telah digunakan untuk meramal protein membran, protein rembesan dan protein membran luar β-barrel. Dari 5728 jujukan protein, 860 jujukan dikelaskan sebagai protein membran, 891 sebagai protein rembesan dan 112 diramal sebagai protein membran luar β-barrel. Bagi meramal protein imunogen, program standalone BLAST dan program analisis epitop terpelihara (ECAT, Epitope Conservancy Analysis Tool) telah digunakan. Epitop, sumber epitop dan penanda molekul yang diperoleh dari pangkalan data imun epitop (IEDB, Immune Epitope Database) dan pangkalan data penanda biologi penyakit berjangkit (IDBD, Infectious Disease Biomarker Database) digunakan sebagai jujukan pertanyaan ke atas pangkalan data protein membran, protein rembesan dan protein membran luar β-barrel yang telah dibangunkan. Pencarian persamaan dan analisis epitop terpelihara mendapati sejumlah 182 jujukan diramal sebagai protein imunogen, 93 jujukan didapati berada pada kromosom 1 manakala 89 jujukan terdapat pada kromosom 2. Dari 182 protein imunogen yang diramal, 12% (22) adalah protein hipotetikal, 32% (59) adalah protein putatif dan 56% (101) terdiri dari protein yang diketahui fungsinya. Seterusnya, peramalan faktor virulen dilakukan menggunakan program standalone BLAST. Sebanyak 15 345 faktor virulen dari pangkalan data faktor virulen (VFDB, Virulence Factors Database) telah digunakan dalam proses ini sebagai pangkalan data bagi pencarian persamaan terhadap protein imunogen yang diramal. Sejumlah 83 protein telah diramal berfungsi sebagai faktor virulen. Pangkalan data Pfam dan Interpro telah digunakan dalam analisis pencarian domain terhadap 83 protein ini. Sejumlah 34 protein yang dianalisis terlibat dalam pengambilan nutrien dan kemotilan B. pseudomallei K96243. Dari kumpulan protein ini, dua protein telah dipilih secara rawak untuk pembinaan pohon filogenetik bagi mengenalpasti fungsi faktor virulen yang telah diramal. Analisis filogenetik telah mengkategorikan faktor virulen yang diramal kepada kumpulan fungsi seperti terlibat dalam kemotaksis bakteria yang membantu dalam pengkolonian dan ortolog terhadap siderofor yang penting bagi bakteria patogen memperolehi logam.,Master/Sarjana
Pages:	158
Call Number:	QR175.N647 2012
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.