1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Kajian filogenetik lembu-lembu di Malaysia menggunakan gen sitokrom c oksidase I dan kawasan d-loop mitokondria
Authors:	Syed Mohamad Fahmi bin Syed Shabthar (P54734)
Supervisor:	Badrul Munir Md. Zain, Prof. Madya Dr.
Keywords:	Filogenetik Lembu Gen sitokrom c oksidase I Phylogeny
Issue Date:	31-Jan-2013
Description:	Bos indicus (lembu zebu), Bos taurus (lembu taurin), Bos javanicus, (banteng/lembu Bali), Bos gaurus (seladang) dan selembu adalah spesies lembu yang boleh didapati di Malaysia. Kumpulan lembu ini dapat dibahagikan kepada dua iaitu lembu liar (seladang dan banteng) dan lembu domestik (lembu zebu, lembu taurin, selembu dan lembu Bali). Kajian sistematik molekul kumpulan lembu liar dan domestik di Malaysia ini dijalankan bagi menerangkan pertalian filogenetik kumpulan tersebut menggunakan jujukan DNA mitokondria (mtDNA) sitokrom c oksidase subunit I (COI) dan displacement loop (D-loop). Sebanyak 74 sampel Bovini yang terdiri daripada individu kumpulan dalaman (B. gaurus, B. javanicus, B. taurus, B. indicus, selembu dan lembu Bali) manakala sembilan data jujukan individu kumpulan luaran (Bos grunniens, Bison bison dan Bubalus bubalis) yang diperolehi daripada genbank digunakan. Analisis tindak balas berantai polimerase (PCR) dijalankan ke atas semua sampel kumpulan dalaman menggunakan pasangan pencetus universal bagi gen COI dan pasangan pencetus spesifik yang direka bagi kawasan D-loop. Jujukan-jujukan akhir sepanjang 508bp (COI), 694bp (D-loop) dan 1196bp (gabungan kawasan D-loop dan gen COI) telah berjaya dijajarkan. Jujukan dianalisis menggunakan perisian MEGA 4.0.2, PAUP 4.0.1b, Modeltest 3.7 dan MrBayes 3.1 bagi membina pohon filogeni Neighbour Joining (NJ), Parsimoni Maksimum (MP) dan Inferens Bayesian (BI). Hasil analisis mendapati peratusan-peratusan ciri parsimoni berinformatif adalah 12.38% (COI), 21.61% (D-loop) dan 17.31% (gabungan D-loop dan COI). Analisis filogenetik menghasilkan topologi-topologi pohon yang menyokong pengelompokan kumpulan lembu liar dan lembu domestik di dalam dua klad yang berasingan (lembu liar dan domestik). Di dalam klad lembu liar, banteng/lembu Bali membentuk klad monofiletik tersendiri dan menjadi kumpulan beradik kepada klad monofiletik seladang. Nilai butstrap bagi pengelompokan kumpulan lembu liar dicatat di antara 53% - 89% dan nilai kebarangkalian posterior di antara 0.93 - 1.00. Dua spesies utama lembu domestik (B. indicus dan B. taurus) dikelompokkan bersama-sama di dalam klad lembu domestik. Sementara itu, individu-individu selembu yang merupakan baka kacukan seladang dan lembu domestik bercampur bersama-sama lembu domestik di dalam klad lembu zebu dan taurin. Pengelompokan lembu domestik tersebut disokong oleh nilai butstrap di antara 79% - 100% dan nilai kebarangkalian posterior sebanyak 1.00 bagi semua topologi. Keberkesanan setiap lokus di dalam menerangkan filogeni kumpulan lembu liar dan domestik dikenalpasti berdasarkan resolusi pohon-pohon filogeni. Kajian ini telah berjaya memperlihatkan keberkesanan lokus COI dan D-loop dalam menerangkan hubungan filogenetik di antara lembu liar, lembu domestik dan kumpulan luaran. Hasil daripada kajian ini boleh digunakan untuk meningkatkan kecekapan program konservasi dan biakbaka lembu liar yang diancam kepupusan.,Master/Sarjana
Pages:	157
Call Number:	QH367.5.S974 2013
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.