Please use this identifier to cite or link to this item:
https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/462938| Title: | Penjanaan dan analisis jujukan tinjauan genom daripada ikan siakap (Lates calcarifer) |
| Authors: | Chong Pan Pan (P22393) |
| Supervisor: | Wan Kiew Lian, Prof. Madya Dr. |
| Keywords: | Genomics -- Malaysia Giant perch -- Malaysia |
| Issue Date: | 11-Nov-2004 |
| Description: | Lates calcarifer merupakan spesies ikan yang penting dari segi ekonomi di Malaysia. Dalarn kaj ian ini, pendekatan j uj ukan tinj auan genom (GS S) telah digunakan untuk memperolehi garnbaran awal genom spesies ini. DNA genom telah dipencilkan daripada tisu otot L. calcarifer, difragmentasikan secara nebulisasi, dibaiki hujung tumpul dan seterusnya diligasi ke dalam vektor pCR®4Blunt-TOPO® untuk pembinaan perpustakaan genom. Campuran ligasi kemudiannya ditransfomasi ke dalam Escherichia coli TOP10 One shot® Electrocom TM. Klonrekombinan dengan DNA selitan berjulat saiz di antara 0.5 kb hingga 3 kb telah dipencilkan secara rawak daripada perpustakaan genom yang telah dibina. Tindak balas penjujukan dilahukan dengan pencetus T3 dan hasil tindak balas dianalisis dengan ABI PRISM@ 3100 Genetic Analyzer. Sebanyak 4,791 GSS dengan jurnlah panjang 2,374,198 pb telah dihasilkan daripada perpustakaan genom L. calcarifer. Semua bacaan kromatogram mentah telah diterjemahkan kepada bes dengan menggunakan program Phred dan jujukan vektor telah disaring dengan program Cross Match. Analisis menggunakan program RepeatMasker menunjukkan 820 (17%) GSS telah dikenal pasti mengandungi unsur ulangan. Jujukan ulangan tersebut terdiri daripada 178 unsur ulangan tersebar, 18 unsur RNA kecil, 10 mur satelit, 553 unsur ulangan ringkas dan 273 unsur dengan kekompleksan rendah. Ulangan tersebar yang paling umum dalam genom L. calcarifer adalah Maui yang merangkumi sejumlah 35 unsur. Berdasarkan persamaan dengan jujukan dalam pangkalan data, 813 (17%) GSS didapati mempunyai keputusan BLAST yang bermakna yang menunjukkan mereka kemungkinan besar merupakan gen L. calcarifer. Gen putatif tersebut dikelaskan mengikut kategori fungsi. Kategori transkripsiltranslasi menunjukkan perwakilan yang tertinggi, diikuti dengan kategori metabolisme, pengangkutan, tramduksi isyarat, struktur, metabolisme DNA, pertahanan/keimunan, proses sel clan pelipatddegradasi protein. Di antara gen putatif yang menarik termasuk yang mengekodkan protein terusan klorida CLC-5, sitokrom b, reseptor androgen dan neuregulin. Hasil kajian ini mencachgkan bahawa penjujukan genom rawak adalah kaedah yang berkesan untuk mengenalpasti unsur ulangan dan gen L. calcanifer. Data yang dihasikan daripada penjujukan rawak genom L. calcanifer ini boleh digunakan sebagai sumber yang berguna dalarn kajian organisma ini selanjutnya.,Sarjana Sains |
| Call Number: | QL638.C34C46 2004 tesis |
| Publisher: | UKM, Bangi |
| Appears in Collections: | Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| ukmvital_1473+Source+Source.0.PDF Restricted Access | 10.22 MB | Adobe PDF |  View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.