Pencirian jujukan genom mitokondria dan genom kloroplas tetrastigma rafflesiae

Mohamad Hafizzudin Mohd Fedeli (P89429)

Please use this identifier to cite or link to this item: https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/462814

Full metadata record

DC Field	Value	Language
dc.contributor.advisor	Wan Kiew Lian, Prof. Dr.
dc.contributor.author	Mohamad Hafizzudin Mohd Fedeli (P89429)
dc.date.accessioned	2023-09-25T09:11:00Z	-
dc.date.available	2023-09-25T09:11:00Z	-
dc.date.issued	2021-05-17
dc.identifier.other	ukmvital:130442
dc.identifier.uri	https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/462814	-
dc.description	Tetrastigma merupakan genus tumbuhan memanjat daripada keluarga Vitaceae. Genus tumbuhan berbunga ini mempunyai lebih daripada 95 spesies yang tersebar dari benua Asia hingga Australia. Selain terdapat beberapa spesies Tetrastigma, misalnya T. hemsleyanum yang mempunyai nilai perubatan, Tetrastigma juga turut terkenal lantaran hubungan uniknya dengan tumbuhan holoparasit daripada keluarga Rafflesiaceae. Terdapat spesies Tetrastigma yang menjadi tumbuhan perumah bagi spesies Rafflesia yang menghasilkan antara bunga yang terbesar di dunia. Namun begitu, maklumat genetik tentang Tetrastigma masih kurang didapati bagi tujuan kajian biologi molekul. Oleh itu, kajian ini bertujuan menghimpun, menciri dan membandingkan data mitogenom dan genom kloroplas bagi salah satu spesies Tetrastigma iaitu T. rafflesiae. Analisis telah dimulakan dengan pemetaan data jujukan bacaan berkualiti genom T. rafflesiae kepada 22 mitogenom dan genom kloroplas tumbuhan rujukan yang sama secara berasingan menggunakan Bowtie 2. Bacaan berkualiti yang berjaya dipetakan kepada genom rujukan organel masing-masing kemudiannya dihimpunkan secara de novo dalam VelvetOptimiser. Hasil pemetaan yang menjana jujukan mitogenom dan genom kloroplas T. rafflesiae telah menjalani proses perancahan dalam SSPACE dan MEDUSA serta analisis penutupan jurang kontig yang terhasil dalam proses perancahan dalam GapCloser. Saiz keseluruhan jujukan perancah mitogenom dan genom kloroplas T. rafflesiae yang dijana di akhir analisis GapCloser ialah masing-masing sebesar 336 kb dan 148 kb. Seterusnya, kandungan gen dalam kedua-dua genom T. rafflesiae terhimpun telah dianotasi menggunakan Mitofy (mitokondria) dan GeSeq (kloroplas). Hasil penganotasian gen telah mendedahkan mitogenom T. rafflesiae mengandungi 40 gen pengekod protein, 20 gen tRNA dan dua gen rRNA manakala genom kloroplas T. rafflesiae pula mengandungi 91 gen pengekod protein, 27 gen tRNA dan empat gen rRNA. Jujukan nukleotida daripada gen-gen pengekodan protein yang telah telah menjalani analisis kefungsian bagi mengesahkan identiti jujukan gen dengan menggunakan Blast2GO. Hasil daripada analisis kefungsian gen telah menunjukkan bahawa identiti jujukan nukleotida gen mitokondria dan kloroplas T. rafflesiae adalah sah berdasarkan keterangan daripada penjajaran BLASTX kepada pangkalan data NR yang telah diterjemah ke dalam output graf carta WEGO yang memaparkan pengelasan kefungsian gen. Lima gen T. rafflesiae daripada mitogenom (ccmB, cob, matR, nad6, rps3) dan tiga daripada kloroplas (rbcL, matK, rpoC1) telah dipilih dalam analisis penjajaran jujukan berganda (MSA) bersama tiga spesies Tetrastigma rujukan dan spesies outgroup V. vinifera bagi melihat kecekapan gabungan gen-gen penanda daripada organel berlainan membezakan antara spesies Tetrastigma. Hasil penjajaran MSA dan pembinaan semula pohon filogenetik menunjukkan gen penanda mitokondria berkemampuan untuk membezakan antara empat spesies Tetrastigma yang dikaji dengan nilai peratus bootstrap yang lebih rendah berbanding dengan gen penanda kloroplas. Secara keseluruhannya, hasil kajan ini telah dapat menambahkan maklumat berkenaan kandungan genetik antara mitogenom dan kloroplas T. rafflesiae dan menilai kecekapan penggunaan gen penanda antara kedua-dua genom organel dalam usaha pengelasan spesies dan kajian evolusi biologi dalam genus Tetrastigma.,Sarjana Sains
dc.language.iso	may
dc.publisher	UKM, Bangi
dc.relation	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi
dc.rights	UKM
dc.subject	Vitaceae
dc.subject	Grapes
dc.subject	Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations
dc.subject	Dissertations, Academic -- Malaysia
dc.title	Pencirian jujukan genom mitokondria dan genom kloroplas tetrastigma rafflesiae
dc.type	theses
dc.format.pages	131
dc.identifier.callno	QK495.V55M844 2021 tesis
dc.identifier.barcode	006789(2022)
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
ukmvital_130442+SOURCE1+SOURCE1.0.PDF Restricted Access		1.16 MB	Adobe PDF	View/Open

Show simple item record Recommend this item