1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Analisis pengekspresan gen transkriptom dwi-kultur Burkholderia pseudomallei dan MRSA
Authors:	Haslina Makmur (P94683)
Supervisor:	Mohd. Firdaus, Prof. Dr.
Keywords:	Microbiology Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	21-Dec-2021
Description:	Bakteria jarang sekali dijumpai dalam persekitaran yang hanya terdiri daripada satu spesies bakteria. Justeru itu, aktiviti salingtindak antara spesies biasa berlaku. Kebanyakan kajian salingtindak menumpukan antara perumah dan patogen, tetapi tidak banyak dikaji salingtindak antara spesies bakteria berlainan dalam sesuatu komuniti perumah. Mungkin terdapat pengaruh salingtindak antara dua spesies patogen dalam suatu perumah yang berupaya menyebabkan kemudaratan kepada perumah. Oleh yang demikian, kajian ini dilaksanakan untuk meneroka gerak balas salingtindak bakteria berlainan spesies dengan menggunakan Burkholderia pseudomallei dan MRSA melalui analisis perbandingan kultur bersama dan kultur tunggal transkriptom RNA-seq. Bagi menganalisis data pengkulturan, kajian ini turut membangun kaedah analisis dwi RNAseq dengan mengubahsuai pemetaan kepada pemetaan ke genom rujukan secara turutan. Menggunakan data transkriptom RNA-seq kedua-dua bakteria yang dikultur selama 17 jam, kajian ini menghimpun dan menganalisis gen berbeza pengekspresan dalam perbandingan kultur bersama dan kultur tunggal menggunakan siri aturcara komputer yang mengandungi alatan bioinformatik. Pemetaan secara turutan bagi sampel kultur bersama menghasilkan purata >90% jujukan dipeta ke genom rujukan. Perbandingan antara kultur bersama dan kultur tunggal telah mengekspreskan 633 gen signifikan bagi B. pseudomallei dan 754 gen bagi MRSA. Kedua-dua bakteria menunjukkan gerak balas yang hampir sama dalam empat jenis komponen iaitu peningkatan pengisyaratan kuorum (B. pseudomallei mengekspres naik pencetus kendiri, manakala MRSA mengekspres naik pengangkut pencetus kendiri), penurunan pengekspresan gen mengekod faktor virulen, menggalakkan metabolisme penguraian dinding sel (B. pseudomallei menggalakkan penguraian untuk kitar semula, MRSA menggalakkan penguraian dalam aktiviti kematian sel terancang) dan penurunan pengekspresan komponen pemfosforilan oksidatif. Kedua-dua bakteria bergerak balas bertentangan dalam aktiviti antioksidan iaitu MRSA meningkatkan pengekspresan manakala B. pseudomallei menurunkan pengekspresan gen-gen komponen nyahtoksik. Gerak balas bertentangan ini mungkin adalah gerak balas perencatan MRSA terhadap B. pseudomallei. Terdapat juga gerak balas khusus bagi MRSA iaitu peralihan penghasilan tenaga kepada proses fermentasi. Kehadiran MRSA diramal mengalakkan pergerakan B. pseudomallei yang mana gen-gen komponen kemotilan B. pseudomallei diekspres menaik dalam perbandingan kultur bersama dan kultur tunggal. Berdasarkan hasil dapatan ini, data transkriptom RNA-seq menunjukkan kedua-dua bakteria menumpukan pada penyesuaian terhadap kehadiran masing-masing dan kebarangkalian tidak terdapat persaingan di antara B. pseudomallei dan MRSA, tetapi berlaku perencatan terhadap B. pseudomallei oleh MRSA.,Sarjana Sains
Pages:	69
Call Number:	QR82.R35H347 2021 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.