1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Pemencilan dan pengekspresan gen mengekod B-N-asetil glukosaminidase dan ekso-B-D-glukosaminidase daripada kulat trichoderma virens UKM1
Authors:	Farahayu Khairuddin (P41128)
Supervisor:	Abdul Munir Abdul Murad, Prof. Madya Dr.
Keywords:	Dissertations, Academic -- Malaysia Gene expression Enzymes Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations
Issue Date:	22-Mar-2012
Description:	Sisa berkitin dan berkitosan dapat ditukar kepada gula ringkas seperti N-asetilglukosamina atau N-glukosamina masing-masing oleh enzim kitinase atau kitosanase. Dalam kajian ini, gen mengekod eksokitinase, iaitu β-N-asetilglukosaminidase (nag3) dan eksokitosanase, iaitu ekso-β-D-glukosaminidase (gls1) daripada kulat Trichoderma virens UKM1 telah dipencil, diciri dan seterusnya diekspres di dalam yis Pichia pastoris. Kajian Penanda Jujukan Terungkap (EST) T. virens UKM1 yang telah dijalankan dalam kajian terdahulu telah mengenal pasti jujukan cDNA separa bagi gen nag3 dan gls1. Dalam kajian ini, kaedah DNA Walking telah dijalankan untuk memperoleh jujukan penuh kedua-dua gen. Hasilnya, jujukan DNA bersaiz 4130 pb bagi nag3 dan 3482 pb bagi gls1 telah berjaya dipencilkan. Jujukan ini merangkumi sebahagian daripada kawasan promoter, rangka bacaan terbuka dan sebahagian daripada kawasan terminator. Analisis jujukan menunjukkan rangka bacaan terbuka bagi nag3 adalah 3270 pb manakala gls1 adalah 2840 pb. Analisis BLASTX jujukan nag3 memberikan 63% identiti dengan jujukan β-N-asetilglukosaminidase kulat Neurospora crassa (No. aksesi GenBank NCBI: CAE85548), dan gls1 memberikan 84% identiti dengan jujukan ekso-β-D-glukosaminidase kulat Trichoderma reesei (No. aksesi GenBank NCBI: BAD99604). Seterusnya, amplifikasi cDNA nag3 (No. aksesi GenBank NCBI: ACH72647), dan gls1 (No. aksesi GenBank NCBI: ACN62417) telah menghasilkan produk PCR masing-masing bersaiz 2799 pb dan 2673 pb. Hasil penjajaran jujukan cDNA dengan gen nag3 menunjukkan kehadiran lima intron pada kedudukan 72-251, 371-488, 1770-1829, 3059-3115 dan 3202-3257 daripada kodon pemula. Bagi gls1, terdapat dua kawasan intron telah dikenal pasti iaitu pada kedudukan 582-661 dan 1508-1594 daripada kodon pemula. Analisis domain terpulihara menunjukkan kehadiran domain glikosil hidrolase keluarga 3 (GH3) bagi NAG3 dan domain glikosil hidrolase keluarga 2 (GH2) bagi GLS1. Analisis translokasi protein dengan menggunakan perisian PHOBIUS meramalkan NAG3 sebagai protein transmembran manakala GLS1 sebagai protein rembesan. Analisis filogeni yang dilakukan dengan menggunakan kaedah Maximum Parsimony daripada perisian PHYLIP versi 3.67 mengesahkan bahawa NAG3 tergolong dalam keluarga GH3 dan GLS1 tergolong dalam keluarga GH2. Seterusnya, cDNA bagi kedua-dua gen diligasi ke dalam vektor pengekspresan pPICZαC menghasilkan plasmid rekombinan pPICZαC_nag3 dan pPICZαC_gls1. Plasmid rekombinan kemudiannya ditransformasi ke dalam yis P. pastoris. Transforman yang membawa kaset pengekspresan terintegrasi disaring di atas piring agar YPD-Zeocin dan disahkan dengan analisis PCR. Analisis RT-PCR menunjukkan bahawa kedua-dua gen berjaya diekspreskan oleh P. pastoris yang membawa kaset pengekspresan. Pengekspresan protein rekombinan dilakukan dalam medium kompleks berpenimbal mengandungi metanol yang bertindak sebagai bahan aruhan. Walau bagaimanapun, kedua-dua enzim rekombinan ini tidak dirembes keluar daripada sel walaupun beberapa pengoptimuman terhadap keadaan pengekspresan telah dilakukan. Hasil kajian menunjukkan gen mengekod β-N-asetilglukosaminidase dan ekso-β-D-glukosaminidase daripada T. virens UKM1 telah berjaya dipencilkan dan dicirikan namun begitu pengekspresan kedua-dua enzim rekombinan gagal dirembes ke luar sel oleh hos heterologus, P. pastoris.,Tesis ini tiada Perakuan Tesis Sarjana / Doktor Falsafah"
Pages:	182
Call Number:	QH450.F347 2012 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.