Perbandingan genom antara pencilan Burkholderia pseudomallei dari Malaysia

Lye Siew Fen (P43137)

Please use this identifier to cite or link to this item: https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/462685

Full metadata record

DC Field	Value	Language
dc.contributor.advisor	Abdul Munir Abdul Murad, Prof. Madya Dr.	-
dc.contributor.author	Lye Siew Fen (P43137)	-
dc.date.accessioned	2023-09-25T09:09:52Z	-
dc.date.available	2023-09-25T09:09:52Z	-
dc.date.issued	2012-03-08	-
dc.identifier.other	ukmvital:119557	-
dc.identifier.uri	https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/462685	-
dc.description	Burkholderia pseudomallei adalah agen penyebab melioidosis dalam manusia dan haiwan. Objektif kajian ini ialah untuk mengkaji kepelbagaian gen antara beberapa B. pseudomallei pencilan tempatan dan kaitan dengan darjah kevirulenan pencilan berkenaan. Untuk menentukan darjah kevirulenan, B. pseudomallei pencilan manusia D286, R15, PMC2000, H10, haiwan Sheep4523 dan strain rujukan daripada Thailand, K96243 didedahkan kepada hos, Caenorhabditis elegans. Sheep4523 merupakan strain yang paling virulen berdasarkan min masa kematian C. elegans iaitu 18.20 ± 0.20 jam diikuti R15 (27.47 ± 0.95 jam), PMC2000 (29.71 ± 0.52 jam), D286 (31.35 ± 0.91 jam), H10 (35.86 ± 1.62 jam) dan akhirnya K96243 (36.68 ± 0.90). Kesemua genom B. pseudomallei pencilan tempatan dijujuk dengan menggunakan teknologi penjujukan Illumina Solexa dan himpunan jujukan disusun berdasarkan jujukan genom rujukan K96243. Jujukan yang tidak berjaya dipetakan kepada K96243, dipeta kepada pencilan jujukan genom B. pseudomallei yang lain iaitu B. pseudomallei 1710b, B. pseudomallei 1106a dan B. pseudomallei 668. Bagi jujukan yang tidak berjaya dipetakan kepada mana-mana jujukan rujukan, himpunan secara de novo dilakukan. Jujukan genom berjaya dihimpunkan dan menunjukkan persamaan dalam julat 90-92% dengan genom rujukan, K96243. BLASTp secara dua hala antara gen rujukan dan gen pencilan tempatan menunjukkan terdapat sebanyak 76-79% gen yang sama. Perbezaan yang paling ketara antara pencilan ialah gen yang hadir pada kawasan kepulauan genom. Daripada 16 kepulauan genom yang hadir dalam genom rujukan K96243, sebahagian besar gen dalam kepulauan genom 3, 4, 5, 6, 11, 12 dan 13 tidak hadir dalam kelima-lima pencilan tempatan, sementara gen dalam kepulauan genom 1, 7 dan 14 merupakan gen yang hadir dalam kesemua genom. Antara pencilan tempatan, variasi gen yang ketara didapati dalam kepulauan genom 2, 8, 9, 10 dan 15. Namun demikian, variasi gen di kepulauan genom tersebut tidak memberi hubungan secara langsung kepada perbezaan kevirulenan yang ditunjukkan oleh setiap pencilan. Strategi himpunan secara de novo yang diambil meramalkan kawasan kepulauan genom yang unik kepada setiap pencilan tempatan. Walau bagaimanapun, fungsi yang dicadangkan untuk gen di kawasan kepulauan genom yang unik ini juga tidak dapat mencirikan hubungan secara langsung antara kawasan kepulauan genom dengan kepatogenan. Berbeza dengan patogen bakteria yang lain, hasil kajian ini menunjukkan gen yang diperlukan untuk kepatogenan B. pseudomallei berkemungkinan tidak terletak dalam kepulauan genom,Tesis ini tidak ada Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah"	-
dc.language.iso	may	-
dc.publisher	UKM, Bangi	-
dc.relation	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi	-
dc.rights	UKM	-
dc.subject	Burkholderia pseudomallei	-
dc.subject	Melioidosis	-
dc.title	Perbandingan genom antara pencilan Burkholderia pseudomallei dari Malaysia	-
dc.type	theses	-
dc.format.pages	121	-
dc.identifier.callno	QH434.L944 2012 tesis	-
dc.identifier.barcode	002828 (2012) 002828 (2012)	-
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
ukmvital_119557+SOURCE1+SOURCE1.0.PDF Restricted Access		1.15 MB	Adobe PDF	View/Open

Show simple item record Recommend this item