1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Analisis perbandingan proteomik in silico bagi genus burkholderia
Authors:	Annisa Akmal Zainal (P41133)
Supervisor:	Khairina Tajul-Arifin, Dr.
Keywords:	Pathogenic bacteria Proteomics Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	8-Aug-2011
Description:	Genus Burkholderia diklasifikasikan sebagai proteobakteria kelas β Gram negatif dan bakteria yang tergolong dalam genus ini dikatakan serba boleh apabila melihat kepada kepelbagaian nic ekologi yang diadaptasi oleh genus ini. Sesetengah spesies Burkholderia merupakan spesies patogenik yang menyebabkan penyakit, contohnya B. pseudomallei dan B. mallei, masing-masing merupakan agen penyebab penyakit melioidosis dan glanders. Beberapa spesies adalah bukan patogenik, contohnya B. thailandensis, dan ada juga yang boleh dieksploitasi untuk biopemulihan seperti B. xenovorans LB400. Analisis perbandingan proteomik secara in silico dijalankan untuk mengenalpasti protein-protein unik dalam lapan spesies Burkholderia yang digunakan dalam kajian ini iaitu Burkholderia sp. 383, B. cenocepacia AU 1054, B. Cepacia AMMD, B. vietnamiensis G4, B. mallei ATCC 23344, B. thailandensis E264, B. xenovorans LB400 dan empat strain bagi spesies B. pseudomallei iaitu strain K96243, 1106a, 668 dan 1710b. Melalui perbandingan proteomik tersebut, sejumlah 6353 protein diramalkan sebagai protein unik. Protein-protein ini kemudiannya dikelaskan mengikut tiga kategori ontologi Gene Ontology. Sebahagian besar protein unik yang ditemui adalah protein hipotetikal. Lebih kurang 8% protein unik dari jumlah tersebut mempunyai kaitan dengan faktor virulen. Fungsi sebahagian besar protein tersebut tidak dapat diramal kerana tidak mempunyai domain yang dapat dikecam. Perbandingan proteom juga dijalankan antara proteom B. pseudomallei K96243 dengan semua proteom bakteria dalam rekod pangkalan data RefSeq yang bukan dari genus Burkholderia. Hasil dari perbandingan proteomik ini mendapati sebanyak 464 protein diramalkan unik kepada genus Burkholderia. Sebelas daripadanya berkaitan dengan faktor virulen putatif B. pseudomallei, tetapi secara keseluruhannya sebilangan besar adalah protein hipotetikal. Melalui pengelompokan proteom, didapati sebanyak 126 protein B. pseudomallei K96243 dikongsi dengan dua lagi patogen yang menyebabkan simptom yang hampir sama dengan melioidosis iaitu Pseudomonas aeruginosa dan Mycobacterium tuberculosis. Sebelas daripadanya merupakan antara produk bagi gen yang disenaraikan dalam kajian lepas sebagai gen yang mungkin mempunyai potensi untuk dijadikan sebagai sasaran dadah. Hasil kajian ini diharapkan dapat menyumbang maklumat dalam meningkatkan pemahaman tentang strain Burkholderia serta membantu mengecilkan skop pencarian protein yang berkemungkinan menyumbang terhadap kepatogenan bakteria untuk dikaji dengan lebih lanjut melalui eksperimen makmal.,Tesis ini tidak ada 'Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah',Sarjana Sains
Pages:	126
Call Number:	QR201.A555 2011 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.