Genetik pemuliharaan lutong di Semenanjung Malaysia berdasarkan analisis filogeni dan metabarkod DNA

Abstract

Lutong merupakan spesies primat herbivor dan mempunyai struktur perut khusus bagi pencernaan diet tumbuhan. Terdapat lima spesies lutong yang bertaburan secara meluas di dalam hutan hujan tropika di Semenanjung Malaysia iaitu Presbytis femoralis (Lutong Ceneka), Presbytis robinsoni (Lutong Kekeh), Presbytis siamensis (Lutong Kakoh), Trachypithecus cristatus (Lutong Kelabu) dan Trachypithecus obscurus (Lutong Celak). Kajian menggunakan kaedah pemerhatian di lapangan telah banyak dilakukan untuk menilai aspek ekologi dan kelakuan lutong di Semenanjung Malaysia. Walaubagaimanapun, kajian menggunakan kaedah genetik molekul untuk menilai hubungan filogeni, kepelbagaian diet dan mikrobiota usus masih terhad dan memerlukan perhatian sewajarnya daripada penyelidik. Taburan yang luas dan adaptasi pemakanan yang spesifik menjadikan lutong sebagai primat yang ideal dalam menentukan pertalian filogenetik, kepelbagaian diet tumbuhan dan mikrobiota usus. Objektif kajian ini adalah untuk i) mengemaskini dan menyemak semula pertalian antara spesies lutong menggunakan penanda molekul mitokondria kawasan D-loop, ii) menentukan kepelbagaian diet tumbuhan yang dimakan oleh lutong menggunakan penanda molekul kloroplas trnL dan, iii) menentukan kepelbagaian mikrobiota usus lutong menggunakan penanda molekul 16S rRNA. Kajian ini melibatkan pensampelan sumber genetik, amplifikasi DNA, penjujukan DNA, Penjujukan Generasi Hadapan (NGS), analisis filogenetik, analisis pemakanan diet tumbuhan dan kepelbagaian mikrobiota usus. Berdasarkan dapatan kajian, terdapat empat struktur genetik yang berbeza telah dikesan dalam populasi P. siamensis di Semenanjung Malaysia. Kemungkinan telah wujud spesies putatif dalam spesies P. siamensis. Pertindihan taburan di antara spesies Presbytis juga berkemungkinan telah membentuk kawasan zon hibrid yang membenarkan percampuran sumber genetik di antara spesies Presbytis di Semenanjung Malaysia. Penentuan diet tumbuhan menunjukkan lutong di Semenanjung Malaysia mengemari tumbuhan yang mengandungi protein, karbohidrat dan fiber yang tinggi seperti daripada famili Fabaceae, Eurphorbiaceae dan Moraceae. Perbandingan kaedah dalam penilaian diet mendapati metabarkod DNA memberikan resolusi yang lebih luas berbanding kaedah pemerhatian di lapangan. Kajian ini turut membuktikan spesies lutong yang rapat mempunyai komposisi diet tumbuhan yang hampir sama. Bakteria daripada filum Firmicutes, Proteobacteria dan Bacteroidetes di dapati telah berasimilasi dengan baik dengan persekitaran mikrobiota usus lutong dengan kelimpahan relatif yang tinggi. Kehadiran beberapa genus bakteria patogen di dalam persekitaran usus mencadangkan lutong di Semanunjung Malaysia berpotensi menjadi perumah dan berupaya menyebarkan penyakit zoonotik. Filogeni perumah juga didapati tidak mempengaruhi kepelbagaian mikrobiota usus lutong. Kajian ini telah berjaya mengemaskini status filogenetik lutong di Semenanjung Malaysia. Teknik NGS telah membuktikan keberkesanan dalam menilai kepelbagaian diet tumbuhan dan mikrobiota usus lutong di Malaysia. Pengecaman dan pemuliharaan spesies tumbuhan yang dimakan oleh lutong menjadi lebih mudah tanpa memerlukan data pemerhatian di lapangan. Status kesihatan lutong dapat dinilai dengan kehadiran bakteria patogen di dalam persekitaran mikrobiota usus yang berpotensi dalam penyebaran penyakit zoonotik. Dapatan kajian ini amat penting dalam memberi maklumat sistematik terkini, penentuan diet tumbuhan dan komposisi mikrobiota usus menggunakan kaedah NGS dalam usaha pemuliharan dan pengurusan lutong di Malaysia.