Pengenalpastian gen pemandu kanser kolorektal daripada data genom pesakit kanser kolorektal di Malaysia

Abstract

Kanser Kolorektal (KRK) merupakan kanser yang berlaku pada kolon dan rektum. . Di seluruh dunia, kanser kolorektal merupakan kanser ketiga paling ramai penghidap dan keempat menyumbang kepada kematian. Gaya hidup seperti merokok, kurang aktif dan tabiat makanan yang tidak seimbang meningkatkan risiko untuk KRK terjadi. Proses karsinogenesis bermula dengan mutasi gen-gen tertentu yang merubah fungsi protein dikodkan dan menyahkawal aturan tapak jalan, sekaligus memberikan kelebihan terpilih seperti proliferasi yang tidak terkawal dan terkeluar dari kawalan apoptosis menyebabkan sel normal bertukar menjadi sel kanser. Mutasi pada gen-gen ini dikenali sebagai mutasi pemandu, manakala gen-gen ini dikenali sebagai gen pemandu kanser (GPK). Kaedah bioinformatik yang digunakan dalam analisis ini berjaya mengenalpasti sejumlah 45 GPK signifikan unik dari 13 pesakit KRK Malaysia. Sejumlah 10 GPK signifikan dari pesakit C474 berjaya dikenalpasti, sembilan dari C373, lapan dari C414, tujuh dari C467, enam GPK signifikan dikenalpasti dari C187 dan C194, lima dari C273, C404 dan C449, tiga dari C476, dan dua dari C388, C398 dan C330. GPK signifikan yang tersenarai dalam Top 20 gen kanser COSMIC termasuk TP53, KRAS, FBXW7, TCF7L2, ARID1A,BRAF dan PIK3CA. GPK ACACA dan ITSN1 masih belum dilaporkan sebagai gen kanser kolorektal dalam pangkalan data COSMIC. Tapak jalan yang terkait dengan KRK dan kanser dapat dikenalpasti iaitu tapak jalan p53, notch, erbb, mapk, adherens junction, wnt, kitaran sel, hedgehog, camp, dan mtor. Analisis juga mengenalpasti 10 jenis tanda pasti kanser unik yang wujud pada pesakit iaitu penerusan isyarat proliferasi, mengelak penindasan pertumbuhan, pengaktifan pencerobohan dan metastasis, keradangan dari pengaruh tumor, membenarkan imortaliti replikasi, ketidakstabilan genom dan mutasi, mengaruh angiogenesis, pemprograman semula metabolisme tenaga, menahan kematian sel, mengelak dari dimusnahkan sistem imun.