https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/388914 2026-04-24T02:00:10Z https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/782411 Title: Pengenalpastian gen pengawalaturan yang berkaitan dengan biosintesis hormon tumbesaran Metisa plana menggunakan analisis rangkaian pengekspresan bersama gen Authors: Vinothienii Vengatharajuloo (P112032) Abstract: Metisa plana Walker (Lepidoptera: Psychidae) ialah spesies serangga perosak kelapa sawit utama yang tersebar di seluruh Asia Tenggara. Letusan perosak M. plana dianggap sebagai ancaman berterusan yang serius kepada industri kelapa sawit kerana pengurangan ketara hasil buah dan seterusnya produktiviti sawit. Walaupun terdapat pelbagai jenis racun serangga kimia dan sintetik telah digunakan, namun ia tidak berkesan dalam mengawal serangan M. plana. Selain itu, ketiadaan data genom yang lengkap bagi M. plana telah menyukarkan pemahaman mekanisme biologi dan molekul yang terlibat dalam perkembangan M. plana. Oleh itu, kajian ini telah menggunakan pendekatan analisis rangkaian gen dalam pengenalpastian gen pengawalaturan yang boleh membantu dalam pemahaman yang komprehensif tentang mekanisme biologi dan molekul. Analisis rangkaian gen merupakan suatu kaedah yang kritikal dalam menganalisis data transkriptom. Pengenalpastian gen pengawalaturan melalui keadah ini boleh digunakan untuk memahami penglibatan gen tersebut dalam tapak jalan hormon tumbesaran dan boleh digunakan sebagai gen sasaran dalam pembangunan racun perosak biorasional khusus spesies. Kajian ini bertujuan untuk mengenal pasti gen pengawalaturan tapak jalan hormon melalui analisis rangkaian pengekspresan bersama gen berpemberat (WGCNA) bagi peringkat perkembangan M. plana yang berbeza. Seterusnya, kluster yang berkaitan dengan pertumbuhan dan perkembangan M. plana serta gen pengawalaturan yang terlibat dalam pertumbuhan dan perkembangan M. plana turut dikenalpasti. Kajian ini menggunakan data transkriptom M. plana bagi membina rangkaian pengekspresan bersama gen. Set data transkriptom diwakili oleh beberapa peringkat perkembangan M. plana yang berbeza, iaitu telur, larva instar ketiga, pupa dan dewasa. Analisis kluster rangkaian gen bagi rangkaian tersebut menggunakan algoritma DPClusO dan disahsahihkan oleh ujian tepat Fisher serta analisis ciri operasi penerima (ROC). Analisis kluster telah mengenal pasti 20 gen pengawalaturan yang berpotensi daripada sepuluh kluster yang paling signifikan. Analisis pemerkayaan tapak jalan telah dilakukan untuk mengenal pasti tapak jalan pengisyaratan hormon tumbesaran dalam M. plana. Antara tapak jalan berkaitan hormon yang telah dikenal pasti ialah tapak jalan pengisyaratan pengantara hormon, pengisyaratan pengantara hormon steroid dan pengisyaratan reseptor hormon steroid intrasel. Selain itu, enam gen pengawalatur turut dikenal pasti iaitu Hnf4, Hr4, MED14, Usp, Tai dan Trr. Anotasi lanjutan ke atas 302 gen yang diekstrak daripada modul utama WGCNA telah berjaya mengenal pasti beberapa gen yang dianotasi sebagai faktor transkripsi. Gen pengawalaturan utama yang dikenal pasti ini berpotensi sebagai sasaran dalam analisis pengesahsahihan dan kajian lanjutan dalam pembangunan racun perosak biorasional M. plana melalui kaedah penyenyapan gen seperti interferens RNA (RNAi). 2024-02-07T00:00:00Z https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/781808 Title: Characterization of immunogenic peptide derived from grouper betanodavirus Authors: Syasya Yusoff (P109354) Abstract: Betanodavirus is one of the major pathogens causing viral nervous necrosis in fish, leading to mass mortality in infected larvae of farmed fish. Red-Spotted Grouper Nervous Necrosis Virus (RGNNV) has a broad range of hosts, including grouper species. Currently, there is still no effective strategy addresses this viral infection. Vaccines are recognized as effective preventive and therapeutic measures for infectious diseases. This study employs reverse vaccinology to identify immunogenic peptides against grouper betanodavirus. The nucleotide sequence of the grouper nervous necrosis virus strain was obtained from NCBI. Using the Immune Epitope Database and NetCTL 1.2 server, B- and T-cell epitopes were predicted and analyzed for antigenicity, immunogenicity, physico-chemical properties, and surface accessibility. As a result, epitope BCE-1 and TCE-3 were selected and synthesized for grouper immunization. Physico chemical analysis revealed that the BCE-1 epitope exhibited a 30-hour half-life and has a large accessible surface area on the virus particle, indicating strong antigen exposure. Immunization with the BCE-1 epitope produced significantly higher antigenspecific antibodies titre compared to the TCE-3 epitope and control groups. Liquid chromatography tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) was used to analyze fish serum from the BCE-1 epitope treatment group, identifying a total of 1440 proteins. Further analysis identified 655 proteins consistently present in at least two technical and two biological replicates. A comparative proteome analysis, using the transformed and normalized protein expression data, followed by one-way ANOVA (q ≤ 0.05) and fold change (FC ≥ 2), revealed 182 differentially expressed proteins (DEPs). Upregulated and downregulated DEPs in peptide treatment groups when compared to peptide with adjuvant treatment group were further identified by differential expression (DE) analysis. KEGG pathway enrichment analysis (q-value ≤ 0.05) highlighted associations of upregulated DEPs with immune response pathways, including phagosome, apoptosis, and protein processing in endoplasmic reticulum, while neuroactive ligand-receptor interaction and ferroptosis pathways were enriched with downregulated DEPs. Upregulated DEPs actin and tubulin in phagosome pathway link serum responses to viral entry, trafficking, and assembly, reflecting their roles in host defense and viral exploitation. The study highlights DEPs' roles in grouper immunity post-immunization therefore providing insights into immune protein expression for managing betanodavirus infections. 2025-09-21T00:00:00Z https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/781807 Title: Metabolomics approach revealing metabolic signatures and mechanism associated with antidiabetic effects of durian belanda (Annona muricata LINN.) leaves Authors: Siti Norliyana Che Mat Zubaidi (P121939) Abstract: Penggunaan tumbuhan herba sebagai salah satu alternatif rawatan penyakit diabetes semakin menjadi perhatian masyarakat, menyebabkan peningkatan permintaan terhadap terapi alternatif yang berasaskan tumbuhan herba. Tumbuhan herba memainkan peranan penting dalam pengurusan penyakit diabetes, khususnya, di negara-negara kurang membangun yang mempunyai akses terhad kepada rawatan kontemporari. Annona muricata, yang turut dikenali sebagai “Durian belanda” di beberapa negara, merupakan sejenis tumbuhan herba yang mempunyai pelbagai manfaat. Namun begitu, kajian terdahulu berkenaan sifat anti-diabetes tumbuhan ini adalah masih kurang. Kajian ini bertujuan untuk mengenalpasti profil metabolit daun A. muricata dan sifat anti-diabetesnya menggunakan pendekatan berasaskan metabolomik untuk memahami interaksi antara sebatian bioaktif dengan model diabetes. Metabolit dalam ekstrak 80% etanol daun A. muricata dikenalpasti dan dikuantifikasi menggunakan instrumen kromatografi cecair berprestasi tinggi ultraspektrometri jisim berganda (UHPLC-MS/MS). Kajian toksisiti akut telah dijalankan dengan pemberian satu dos tunggal 2000 mg/kg ekstrak 80% etanol daun A. muricata sepanjang 14 hari untuk penilaian keamanan ekstrak dengan menggunakan pendekatan analisis metabolik berdasarkan spektroskopi resonans magnet nukleus (1H-NMR). Kesan antihiperglisemik diuji pada model tikus diabetes yang diaruh oleh suntikan aloksan (Ax) dan nikotinamida (NA) selama 28 hari pada dos 200 dan 300 mg/kg, dengan perubahan dalam metabolit serum dan air kencing dianalisis melalui 1H-NMR. Sebanyak 43 metabolit dikenalpasti dalam ekstrak menggunakan UHPLC-MS/MS. Kemudian, 8 metabolit dengan aktiviti antidiabetes yang diketahui telah dipilih untuk kuantifikasi mutlak, dengan kuersetin 3-rutinosida (rutin), asid sinamik, dan kaempferol 3-glukosida (astragalin) adalah metabolit yang paling banyak kandungannya di dalm ekstrak. Hasil kajian toksisiti akut menunjukkan bahawa ekstrak ini selamat digunakan pada dos melebihi 2000 mg/kg, dengan tiada metabolit toksik yang ketara yang dapat dikesan, yang mana telah disahkan melalui analisis 1H-NMR bagi sampel air kencing dan serum, pemerhatian fizikal dan tingkah laku, berat badan, ujian fungsi ginjal, dan ujian fungsi hati. Tikus diabetes berjaya diaruh menggunakan Ax-NA, seperti yang disahkan oleh analisis 1H-NMR sampel air kencing, rekod berat badan, bacaan paras gula dalam darah dan analisis biokimia. Selepas rawatan diabetes menggunakan ekstrak daun A. muricata, keputusan paras gula dalam darah menunjukkan bahawa bacaannya menurun berbanding tikus diabetes. Ekstrak pada dos 200 mg/kg didapati paling berkesan dalam memulihkan homeostasis glukosa dan menormalkan laluan metabolik utama, termasuk kitaran asid trikarboksilik (TCA), piruvat, dan glikolisis/glukoneogenesis, dengan kesan yang setanding dengan metformin. Kajian ini memberikan pandangan berharga tentang potensi terapeutik A. muricata dalam pengurusan diabetes. Penemuan ini menonjolkan keselamatan, keberkesanan, dan potensinya sebagai calon untuk saringan pra-klinikal, menyumbang kepada pembangunan produk farmakologi dan makanan berfungsi. 2025-02-27T00:00:00Z https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/781806 Title: Antioksidan, kesitotoksikan dan pemprofilan metabolit bioaktif dalam tempe konvensional dan tempe organik Authors: Nurul Syahidah Mio Asni (P119815) Abstract: Tempe ialah produk kacang soya yang kaya nutrien dan terkenal dengan sifat antioksidannya. Kebimbangan terhadap sisa racun dalam produk konvensional telah meningkatkan permintaan terhadap produk soya organik termasuk tempe. Namun, kajian mengenai perbezaan metabolit bioaktif antara tempe organik dan konvensional selepas pencernaan dan potensi biologinya masih terhad. Kajian ini menilai profil metabolit bioaktif dan potensi antioksidan serta kesitotoksikan tempe organik selepas simulasi pencernaan in vitro gastro-usus. Kacang soya konvensional (SK), tempe konvensional (TK), digesta tempe konvensional (DTK), kacang soya organik (SO), tempe organik (TO) dan digesta tempe organik (DTO) telah dianalisis dimana analisis HPLC-HRMS digunakan untuk mengenal pasti metabolit secara putatif melalui GNPS dan SIRIUS bersama analisis multivariat.Digesta tempe organik menunjukkan jumlah fenolik (DTK = 22.55 ± 0.73 µg GAE/g; DTO = 41.36 ± 2.52 µg GAE/g) dan flavonoid (DTK = 4.64 ± 0.57 µg QE/g; DTO = 10.06 ± 0.47 µg QE/g) lebih tinggi berbanding digesta tempe konvensional. Tiada perbezaan ketrara dalam biokebolehcapaian fenolik (TK = 74.77% ± 2.18; TO = 59.20% ± 1.42) dan flavonoid (TK = 49.4% ± 3.20; TO = 57.52% ± 2.11) antara kedua-duanya. Selain itu, tempe menunjukkan aktiviti antioksidan lebih tinggi berbanding kacang soya dan digesta tempe organik menunjukkan aktiviti antioksidan tertinggi. Tiada aktiviti kesitotoksikan berkesan dikesan pada kepekatan 1 mg/mL terhadap sel HCT-116. Sebanyak 32 metabolit dikenal pasti (VIP > 1.5, log₂FC > 1, p < 0.05), termasuk 19 asid lemak, 9 fenolik dan 4 asid amino. Metabolit utama yang memisahkan digesta tempe ialah vaksenat, asid 8,11,15- dan 11,13,15-oktadekatrienoik, linoleamida, aldehid dan alkohol linolenil, manakala kolina, daidzein dan genistein membezakan ekstrak tempe. Sebanyak 21 metabolit berkorelasi positif dengan aktiviti antioksidan. Rangkaian molekul mengenal pasti 12 isoflavon utama seperti daidzein dan genistein bersama derivatif malonil dan asetilnya. Digesta tempe organik mengandungi lebih banyak isoflavon aglikon dengan biokebolehcapaian lebih baik. Secara keseluruhan, digesta tempe organik menunjukkan profil metabolit bioaktif dan aktiviti antioksidan yang lebih tinggi yang menjadikan tempe organik berpotensi sebagai makanan fungsian dengan kebolehcapaian nutrisi dan manfaat antioksidan yang lebih baik. 2025-10-21T00:00:00Z